A、该工程的主要目的是治理小流域的水土流失问题，A正确；B、该生态工程针对不同的地形采取不同的措施，B正确；C、该生态工程做到了经济效益与生态效益的统一，C正确；D、小流域治理模式是我国农民和技术人员的创举，它是应用生态工程的整体性原理、协调与平衡原理，及工程学等原理，通过保土蓄水、耕作措施、林草措施等工程和生物措施，层层设防来控制土壤侵蚀的，D错误．故选：D．
