A、如果突变后减少的3个碱基对是连续的,则指导合成的蛋白质分子与原蛋白质相比少一个氨基酸,氨基酸顺序不变,A正确;B、如果突变后减少的3个碱基对是不是连续的而是间断的,则指导合成的蛋白质分子与原蛋白质相比少一个氨基酸,氨基酸顺序也改变,B正确;C、氨基酸数目肯定改变,但顺序不一定改变,C错误;D、A、B都有可能,D正确.故选:D.