A、酶是由活细胞产生的具有催化活性的有机物,其中大部分是蛋白质、少量是RNA,A错误;B、酶能降低生化反应的活化能,B错误;C、胃液中有大量的胃酸(HCl)进入小肠后,与小肠中NaHCO3发生中和反应,不会影响小肠中的酶的活性,C错误;D、胃蛋白酶的最适宜PH为1.8左右.小肠内PH为7-8之间,当胃蛋白酶进入小肠后将会失活,不能将蛋白质分解,只能作为蛋白质被分解,故进入小肠后,不会降低小肠中酶的活性,D正确.故选:D.