A、原核细胞的基因中，编码区是连续的，无外显子和内含子之分，A错误；B、真核细胞的基因中，编码区分为外显子和内含子，内含子不能编码蛋白质的序列，B正确；C、非编码区也是基因的结构，控制着转录的起始与结束，具有遗传效应，C错误；D、终止密码子位于mRNA上，作用是终止翻译的过程，而RNA聚合酶则是用于转录的酶，D错误．故选：B．
